La historia inicia cuando un alto mago de la dinastía del faraón egipcio llamado Heishin encuentra el tesoro de las ruinas prohibidas; este mago es malvado y sabe que según los antiguos sabios al hacer el conjuro e invocar al señor de la oscuridad el tendría el poder de dominar el mundo. El Videojugador está representado en la historia por "Yami" que es el faraón egipcio; a él le gusta salir como persona normal a jugar Duelo de monstruos, este juego consiste en eliminar todos los puntos de vida del oponente usando unas cartas que contienen la esencia de un monstruo; cada carta posee un puntaje de Ataque y de Defensa que son comparados cada vez que 2 monstruos se enfrentan siendo ganador el que posea mas puntaje; el juego ofrece la posibilidad de armar estrategias para fortalecer a los monstruos propios o debilitar a los enemigos. Yami juega Duelo de monstruos muy a menudo, hasta que un día su consejero "Simón murán" lo descubre y lo reta a un duelo en el cual si Yami gana, podría seguir con sus duelos nocturnos y si pierde, debería volver al palacio como debería ser. Yami enfrenta a otros personajes como Teana y los Villagers, después de lo cual sale con Teana a una fiesta que se realiza en la plaza de la aldea, allí se encuentran con Jono y un mago llamado Seto. Este mago venció a Jono en un duelo y el faraón promete que vencerá a Seto para que no quede impune la derrota de su amigo, así que Seto lo reta, pero un guardia los interrumpe y el duelo queda aplazado, después Yami regresa al lugar donde residen Teana Y Jono, Yami tiene un duelo amistoso con Jono y después de vencerlo, llega Seto a este lugar y se lleva a cabo el duelo pendiente del cual Yami es el ganador. Después de esto Yami regresa al palacio.
-Una vez ahí Heishin invade el palacio y destruye todo a su paso buscando el "Rompecabezas del milenio" el cual es necesario para que el pueda hacer el conjuro en las ruinas prohibidas; Simón Murán le da el Rompecabezas a Yami y le dice que lo oculte, pero Heishin los encuentra y reta a Yami a un duelo en el cual el ganador se quedaría con el Artículo milenario; Yami pierde el duelo contra Heishin (El juego está arreglado para que el jugador pierda ese duelo y así continuar con la historia) y debe darle el rompecabezas, pero Simón Murán le ordena que lo rompa para al menos evitar que Heishin despierte al señor de la oscuridad. Yami lo rompe y queda atrapado dentro de él.
-Ahora el juego nos transporta a la época moderna donde es Yugi Motou un pequeño niño quien toma el contról, el recibe indicaciones que le dicen que debe entrar a un torneo organizado por Seto Kaiba y conseguir los 6 artículos del milenio restantes para liberar al faraón de su prisión en el Rompecabezas. Cuando Yugi llega a las finales, se encuentra con Shadi, quien lo pone al tanto de la historia. En el juego de Yu gi oh forbidden memories, el único poseedor de un artículo del milenio que no aparece es Marik (Según el animé) ya que el cetro del milenio siempre le ha correspondido a Kaiba sino que Marik lo había hurtado, pese a ello su hermana Isis si aparece en la historia. Cuando Yugi recolecta todos los artículos venciendo a sus poseedores (Shadi (Balanza y Llave del milenio), Bakura (Sortija del milenio), Pegasus (Ojo del milenio), Isis (Collar del milenio) y Kaiba (Cetro del milenio)) el Faraón es liberado de su prisión ya que se abre el portal para volver al antiguo Egipto.
-Cuando el faraón vuelve, todo lo que había conocido antes está en ruinas gracias a Heishin, le va a dar una visita a su palacio y entonces cuando entró, lo recibe un mago, el Mago Guardian, es el guardian de los territorios de Heishin, lo pone al tanto de todo y le hace ver que su palacio está en ruinas, lo reta a un duelo para que el pueda seguir su camino; Yami sale victorioso y el mago desaparece.
Yami logra encontrar a Jono y Teana de nuevo, quienes lo llevan a un refugio oculto donde se han estado alojando. Después de eso Yami encuentra un lugar llamado "El valle de los reyes" donde un guardia lo reconoce y le explica que debe conseguir un mapa antiguo que contiene la ubicación de los templos de los 5 grandes magos, Seto llega y dice que ha estado siguiendo al Faraón y que Heishin ha encomendado a cada uno de los 5 grandes magos que protejan un artículo del milenio, sin embargo, Yami desconfía de Seto ya que es es la mano derecha de Heishin ¿Porque iba a querer ayudarlo?.
-Luego Yami encuentra el mapa en las ruinas de su palacio después de vencer a un guardia y regresa al Valle de los reyes. El guardia interpreta el mapa y le revela a Yami el camino que debe seguir para llegar a cada templo según los antiguos sabios. Yami ahora se dirige a enfrentar a los 5 grandes magos (Secmenton, Atenza, Kepura, Anubisius y Martis) cada uno de ellos domina un linaje de cartas según el campo y al tener el duelo con Yami, se les ofrece una ventaja al iniciar de forma predeterminada con el campo de juego favorable para su baraja; para enfrentar a cada uno de estos magos, es necesario vencer primero a su guardian personal. Yami vence a un par de magos y se dirige de nuevo a lugar de alojamiento oculto de Jono y Teana, Jono lo recibe y le dice que Seto y Heishin han secuestrado a Teana, y lleva a Yami hasta el palacio de Heishin, allí Yami se enfrenta con un guardian de un laberinto y tras cruzar el laberinto se encuentra con Seto y Heishin, Heishin le ordena a Seto que elimine al Faraón en un duelo y aquí es su segundo encuentro desde la vez anterior a que Heishin inavdiera el palacio.
-Cuando Yami gana, Seto le dice que no ha logrado nada, pues aún faltan Grandes magos por vencer, así que Yami sale y vence a los magos faltantes y recupera los artículos milenarios. Aquí inicia el final de la historia, Yami llega al templo de heishin de nuevo y con Ayuda de Seto, llega por un pasaje secreto hasta el salón principal; allí se encuentra con 2 guardianes legendarios, Sebek y Neku; estos hermanos deberán ser vencidos por el faraón para poder llegar hasta Heishin y enfrentarlo en un duelo en donde el Faraón deberá ser el ganador. Cuando Yami vence a Heishin, Seto le dice que todo fue una farsa y que todo lo que sucedió estaba en los planes de él; Seto había planeado que Yami reuniera los artículos y se había ganado la confianza de Heishin sólo para ese momento; Seto le cuenta a Yami que sería el quien convoque al señor de la oscuridad y quien domine al mundo ya que esperara que Yami venciera a Heishin y así lo quitara del camino para sus propios planes y que ahora eliminaría al Faraón en un duelo para terminar su plan.
-Yami vence a Seto por tercera vez, y entonces Heishin al sentirse derrotado y traicionado, amenaza a Yami con Matar a Seto si no le entregaba los artículos para convocar al señor de la oscuridad, a Yami no le queda otro remedio y le entrega los artículos, entonces Heishin hace en conjuro e invoca a Darknite quien representa los poderes que la oscuridad que había sido sellada por los antiguos maestros pero ahora estaba libre. Heishin se regocija y reclama a Darknite el poder de dominar el mundo, pero DarkNite no obedece y le da a entender que el no tenía que obedecer a nadie porque el era más poderodo que todos, Heishin se sorprende y reclama que según el antiguo pacto quien convocara este poder dominaría el mundo, pero DarkNite se burla y encierra el alma de Heishin en una carta y la quema.
-Ahora Yami pone a Darknite al tanto de lo que sucedió y le da a entender que el es quien reunió los artículos y le ordena que vuelva a donde estaba, pero Darknite le propone que tengan un duelo y si Yami gana el volvería a su lugar, Yami lo vence en un duelo y Darknite no acepta su derrota alegando que el creó los monstruos y cartas y se convierte a la maldad en su máxima expresión; ahora es una calabera llamada Nitemare quien casi que obliga a Yami a tener un duelo mas, Nuevamente Yami lo vence y sella de nuevo a esa maldad para siempre. Se dice que después de eso nunca nadie volvió a ver a Seto y que Yami tomó el control de Egipto como un faraón de paz.