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El EJB (Ejercito de John Brown), o también mencionado como JBA(John Brown Agency) es una organización terrorista dirigida por Emile Dufrainse, tiene la intención de comprar a un científico nuclear pakistaní llamado Aswat, una sustancia conocida como Mercurio rojo, la cual, puede ser usada como material de fusión de Bombas nucleares. Este producto es robado, posteriormente el EJB logra adquirirlo y desarrolla 6 bombas nucleares.
Tras el robo del mercurio rojo Sam Fisher, agente de third echelon, (división de la NSA), se ve obligado a infiltrarse en la red terrorista para así hallar el arma, evitar que esta sea utilizada y acabar con la red terrorista del EJB desde adentro. Para lograr su cometido, Sam Fisher debe infiltrarse en el EJB por lo cual deberá aliarse con uno de los miembros del EJB llamado Jamie Washington, este le ayudara a penetrar dentro de las redes terroristas.