Subsistence
El Disco 1, llamado Subsistence, incluye la versión completa de Metal Gear Solid 3: Snake Eaterjunto con nuevas características, que incluyen un nuevo modo de cámara en tercera persona (una versión experimental de la cámara finalmente utilizada en Metal Gear Solid 4), un modo demostracion mejorado (que utiliza la visualizacion de secretos del juego) y un modo Linkup para Metal Gear Acid 2 que permite usar el periférico Solid Eye de PSP para ver las fotos tomadas en MGS3.
Persistence
El Disco 2, llamado Persistence, incluía principalmente el nuevo Metal Gear Online(MGO), que incluia varias modalidades multijugador. Este modo ya no funciona ya que sus servidores fueron desactivados. También incluye un modo duelo, donde el jugador puede pelear contra todos los jefes finales y a los enemigos principales (por ejemplo, la unidad Ocelot y la escena de persecución en moto). También se incluye el minijuego Ape Escape Snake. Finalmente se incluye el Modo Teatro Secreto, donde aparecen los vídeos de humor colgados en la página de Konami, y los juegos originales de MSX, Metal Gear y Metal Gear 2: Solid Snake. Tener en cuenta que en The Essential Collection no se incluye.
Existence
Para este Disco 3, llamado Existence, Kojima y su equipo juntaron en tres horas y media las cinemtacias de Metal Gear Solid 3, con sonido remasterizado. Aunque se presenta como una película, se ha afirmado que la historia no estaba destinada como "MGS3: The Movie", sino que es mas una manera de ver la historia para aquellos que no quieren o no pueden terminar el juego. Además, se incluyo el primer Teaser Trailer del para ese entonces futuro Metal Gear Solid 4 presentado en el E3.