Como en Warcraft III: Reign of Chaos, la campaña para un jugador de Frozen Throne sigue cada una de las principales razas en secuencia. En este juego, están los elfos nocturnos (Maiev Shadowsong que persigue al escapado Illidan Stormrage), humanos (o elfos de sangre, a raíz de las luchas de los últimos Altos Elfos en Lordaeron después de haber sido destruidos por la Plaga y la Legión de Fuego), y muertos vivientes (tras el regreso de Arthas en Lordaeron a Kalimdor, y su viaje posterior para encontrar al Rey Exánime de la Plaga). A diferencia de Reign of Chaos, no hay ninguna campaña con los Orcos. Sin embargo, hay una campaña de rol al estilo Diablo separada de los demás que narra los primeros días del establecimiento de la Horda de los Orcos en Kalimdor.
En la primera campaña del juego, Illidan Stormrage ha ganado la lealtad de los Naga, mutado elfos nocturno, y obtiene un artefacto llamado el Ojo de Sargeras de su tumba (en el capítulo 3 de la campaña), que le otorga un poder extraordinario. La ex guardia de Illidan, Maiev Shadowsong, pide la ayuda de Malfurion Stormrage y Tyrande Whisperwind para capturar a Illidan. En mitad de la persecución, Tyrande es arrastrada por un río, mientras ella ayuda a un grupo de elfos de sangre. Maiev convence a Malfurion de que ella murió. Cuando por fin capturan a Illidan, explica que planeaba utilizar el Ojo para destruir al Rey Exánime, gobernante de los muertos vivientes. En este punto, Malfurion descubre que Tyrande aún puede estar viva. Después de que Illidan la rescata, Malfurion lo perdona por sus acciones hechas con el Ojo, pero le recuerda que todavía está en el exilio. Illidan luego huye a Terrallende.
La segunda campaña sigue a los elfos de sangre, los últimos de los Altos Elfos, liderados por su príncipe Kael'thas. Se les da el trabajo de arreglar las torres de vigilancia y defenderlas por un líder humano llamado Garithos, que desprecia a los que no son humanos, que más tarde descubre que Kael'thas fue ayudado por los Naga, y encarcela a los elfos de sangre. Ellos son rescatados por Lady Vashj, líder de los Naga, que los lleva a todos a Terrallende, donde se unen con Illidan y conquistan Terrallende. Una vez que Terrallende es conquistada, el maestro de Illidan, el brujo Kil'jaeden, encuentra a Illidan y se prepara para castigarlo por su incapacidad para destruir al Rey Exánime. Illidan, sin embargo, convence a Kil'jaeden de darle una oportunidad más, alegando que estaba reuniendo más fuerzas para asaltar el Trono de Hielo del Rey Exánime.
La tercera campaña sigue a los muertos vivientes, que se han dividido en tres facciones. Una de ellas es liderada por Arthas y es leal al Rey Exánime y acompañado por los nigromantes del Exánime, Kel'thuzad. (En gran parte controlada por el jugador en el juego); otra es conducida por el alma en pena Sylvanas Windrunner (que tiene un capítulo controlado por el jugador en el juego), y la tercera es dirigida por tres Señores del Terror y es fiel a la Legión de Fuego. Sylvanas derrota a los Señores del Terror y unifica las dos facciones, mientras que Arthas viaja a las tierras de Northrend para defender al Rey Exánime de Illidan, los Naga, y los asaltos combinados de los elfos de sangre tras los ataques dolorosos y visiones del Rey Exánime que lo manda al Trono de Hielo. Después de una feroz batalla entre las fuerzas de muertos vivientes de Arthas y de Illidan, Illidan parece estar muerto, y mientras Arthas se aleja del casi muerto Illidan, le advierte a Illidan que "se vaya y no vuelve a Azeroth." y Arthas es capaz de alcanzar el Trono de Hielo del Rey Exánime. Una vez allí, Arthas rompe la prisión de hielo que mantuvo a los Reyes Lich sigue quedan, liberándolo. Arthas se pone el casco del Rey Lich, uniendo sus almas en un ser ultra-poderoso: Arthas, el nuevo Rey Lich...
La campaña por separado al estilo RPG sigue la Horda defendiendo sus tierras en Durotar y creando un nuevo reino. Tras defender Durotar de una serie de amenazas menores, Rexxar se entera de que una fuerza de los seres humanos de la isla de Theramore, dirigidos por el almirante Daelin Proudmoore, planea invadir Durotar. El almirante Proudmoore no está dispuesto o es incapaz de aceptar una tregua entre la Horda y la Alianza a pesar de su combinada penetración del Árbol del Mundo en Reign of Chaos. Los orcos invaden Theramore (con la ayuda de una culpable Jaina Proudmoore) y matan al Almirante, reemplazándolo con su hija, Jaina.