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El modo de juego de Counter-Strike: Source se asemeja bastante al de Half-Life 2, debido a que el motor es el mismo, con cambios en las texturas, sonidos, nivel de diseño y armas disponibles. "Source", tiene tan solo algunos básicos y fáciles comandos que suavizan la curva de aprendizaje, incluyendo ir hacia delante, atrás, derecha, izquierda, disparos, saltos y mucho más. El repertorio de armas es ligeramente más difícil de controlar en comparación con su predecesor, Counter Strike 1.6.
Debido al gran número de jugadores de Counter Strike, esta nueva versión ha acumulado también una gran variedad de diferentes personalizaciones y addons que pueden ser utilizadas con el juego. Hay un gran número de jugadores que crean sonidos personalizados, texturas, skins de armas y skins de jugadores.
Al igual que otros shooters de primera persona modernos, Counter-Strike: Source tiene una extensa comunidad creadora de mods. Las personalizaciones en el lado del servidor son frecuentemente implementadas utilizando "Valve's Source SDK for Server Plugins". Mods como "Sourcemod" y "EventScripts" se agregan a los comandos RCON básicos así como a personalizaciones durante el juego.